Con los electrones secundarios se obtiene una imagen de campo claro en apariencia tridimensional de la muestra. Esta se utiliza para obtener imágenes de alta resolución. Son electrones de baja energía (decenas de eV) que resultan de la emisión por parte de los átomos constituyentes de la muestra (los más cercanos a la superficie) debido a la colisión con el haz incidente. La intensidad varía en función del ángulo que forma el haz incidente con la superficie del material, es decir depende de la topografía de la muestra.